Brał udział w powstaniu warszawskim.
Polska Ludowa Po zakończeniu wojny wstąpił do tajnej organizacji Wolność i Niezawisłość, której zadaniem było m.in. walka z sowietami. Na krótki czas Ksiądz został aresztowany. W 1946 r. powrócił do Warszawy i zaangażował się w odbudowę kościołów: kościół Świętej Trójcy na Solcu i kościół Wszystkich Świętych przy placu Grzybowskim. thumb|left|120px|Sanktuarium „Poległym i Pomordowanym na Wschodzie” thumb|240px|Nagrobek ks. Stefana Niedzielaka na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie W 1956 został proboszczem parafii św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach. Od 1961 był proboszczem parafii Matki Bożej Loretańskiej na Pradze i jednocześnie duszpasterzem służby zdrowia. Od 1977 roku był ponownie proboszczem na Powązkach, gdzie zapoczątkował odprawianie mszy za Ojczyznę.
W latach osiemdziesiątych wraz z Wojciechem Ziembińskim zaczął tworzyć Sanktuarium „Poległym i Pomordowanym na Wschodzie” w kościele św. Karola Boromeusza na Powązkach. Został kapelanem Warszawskiej Rodziny Katyńskiej i upominał się o ujawnienie prawdy katyńskiej.