Pogarszająca się sytuacja finansowa klubu spowodowała, że po sezonie 1991/1992, w którym drużyna została zdegradowana do II ligi, zespół został wycofany z rozgrywek. Reaktywowano go w 1996, zgłaszając do rozgrywek III ligi w sezonie 1996/1997.
Lata 1997–2019
W czerwcu 1997 zarejestrowano Stowarzyszenie Piłki Ręcznej Stal Mielec (SPR Stal Mielec), które przejęło sekcję piłki ręcznej FKS-u Stali Mielec. W latach 1997–1999 drużyna występowała w III i II lidze, przez kolejne dwa lata nie była zgłaszana do rozgrywek seniorów. Ponownie przystąpiła do nich w sezonie 2001/2002, grając w II lidze. W sezonie 2003/2004 Stal awansowała do I ligi. W sezonie 2005/2006 odniosła w niej 18 zwycięstw, zanotowała jeden remis i poniosła pięć porażek, kończąc zmagania z dorobkiem 37 punktów na 1. miejscu w tabeli (trzy punkty przewagi nad drugim Vive II Kielce), oznaczającym awans do Ekstraklasy. W sezonie 2006/2007 najwyższej klasy rozgrywkowej Stal odniosła sześć zwycięstw, zanotowała jeden remis i poniosła 15 porażek. Z 11. miejsca przystąpiła do gry o utrzymanie – w sześciu decydujących o końcowej klasyfikacji meczach wygrała dwa razy, raz zremisowała i trzy razy przegrała, nie zmieniając swojej pozycji w tabeli (11.), a tym samym spadając do I ligi.