Jednak gdy doszło do konfrontacji z krajami zachodnimi, której zwieńczeniem była klęska pod Navarino, pasza Egiptu został zmuszony do radykalnego zredukowania kosztownej armii.
Dzięki centralizacji władzy przeprowadził reformę rolną, administracyjną i edukacyjną. Określany mianem „obrońcy fellahów” stworzył przepisy, mające na celu ochronę ludności wiejskiej przed wyzyskiem ze strony posiadaczy ziemskich. Za jego panowania powstawało wiele fabryk, portów, rozwijały się miasta, handel i rzemiosło. Wprowadził monopol państwowy na większość strategicznych towarów. Za rządów Muhammada chłopi rozpoczęli masową uprawę bawełny, co w kolejnych latach doprowadziło do przekształcenia gospodarki Egiptu w monokulturową.
Przeprowadzane reformy w armii, zmianę systemu podatkowego oraz zmiany administracyjne oparł na wzorcach europejskich, które ze zmiennym szczęściem starał się zaadaptować do lokalnych warunków. Określany mianem „wschodniego despoty” scentralizował władzę w kraju, dzięki czemu doszło do szybkiego rozwoju państwa w początkowych latach panowania. Pod koniec rządów stworzony przez niego system ujawnił jednak swoje wady.