Mamelucy, pragnąc pozbyć się nieprzyjaciela, doprowadzili do odcięcia Kairu od dowozu żywności. W mieście zaczął panować głód i anarchia, władza nie była w stanie egzekwować posłuszeństwa wobec prawa. Churszid Pasza zaczął spiskować przeciwko swemu sojusznikowi, nie przekazał mu mianowicie obiecanego żołdu dla albańskich żołnierzy. Wtedy to Muhammad zdecydował się na uzyskanie poparcia kairskich szejków i ulemów. Zamierzano uwięzić Churszida, jako zwierzchnika przysłanego przez okupantów, lecz ten zbiegł do cytadeli w centrum Kairu. Zniecierpliwiona ludność obwołała 9 maja 1805 roku Muhammada paszą Egiptu. Rozpoczęto oblężenie cytadeli. Przysłany do zaprowadzenia pokoju turecki negocjator nie wypełnił swego zadania. W październiku, po kilku miesiącach oporu, Churszid skapitulował.
Stambuł, inspirowany w swych działaniach przez Londyn, złożył Muhammadowi propozycję objęcia namiestnictwa bądź w Salonikach, bądź na Krecie. Jednak lokalni egipscy szejkowie poprosili o nominację na paszę Egiptu właśnie Muhammada. Turcja obawiała się silnej władzy w swej najbogatszej prowincji, wolała, by panował w niej chaos i władza skłóconych ze sobą mameluków. Przekupiony przez Muhammada negocjator powrócił do Stambułu, gdzie przekazał informację o jego silnej pozycji w Egipcie.