W tym czasie, w 1929 roku, Masseria rozpoczął wojnę z przywódcą znanej brooklyńskiej rodziny mafijnej – Salvatore Maranzano. Wojna ta przeszła do historii jako wojna Castellammarese i trwała ponad 2 lata. W trakcie jej trwania Luciano potajemnie – za plecami „Joe Bossa” – skupił wokół siebie gangsterów tzw. Young Turks niezadowolonych ze sposobu prowadzenia mafijnych interesów przez ówczesnych dwóch głównych bossów. Przy okazji liczył, że obaj prędzej czy później staną się ofiarami tej wojny. Jednakże końca jej nie było widać i obaj nadal żyli. Wówczas Luciano razem z innymi żydowskimi gangsterami (m.in. Lanskim i Siegelem) wdrożył plan działania, który przewidywał w pierwszej kolejności wyeliminowanie Masserii.
Stało się to 15 kwietnia 1931. „Joe Boss” został zastrzelony przez czterech napastników: Vito Genovese, Joego Adonisa, Alberta Anastasia i Bugsy’ego Siegela w restauracji na Coney Island. Maranzano został zwycięzcą i ogłosił się szefem wszystkich szefów. Panowanie jego nie trwało zbyt długo. Luciano zlecił następnie zabicie Maranzano, a zabójstwa dokonali wynajęci „cyngle” od Lanskiego (10 września 1931).