Również ze względu na stan zdrowia zrezygnował z kariery wojskowej na rzecz studiów rolniczych, na Uniwersytecie Technicznym w Monachium, które rozpoczął 19 października 1919. W grudniu 1919 wstąpił do katolickiej Bawarskiej Partii Ludowej. W powojennym i rewolucyjnym chaosie, który zapanował w Niemczech Himmler odkrył doskonały czas dla siebie, w którym będzie mógł zdobyć bitewne doświadczenie. Zapisał się do freikorpsu Landshut i następnie do kompanii rezerwowej freikorpsu Oberland, w których gromadzili się rozczarowani frontowcy. Zwalczali Republikę Weimarską i Żydów. Himmler uważał, że na wschodzie czekają na odzyskanie pradawne germańskie tereny osadnicze. Studiował rolnictwo, gdyż chciał w przyszłości przykładnie żyć z żoną, Niemką, jako zarządca któregoś z majątków ziemskich. Freikorps Oberland został rozwiązany, a w 1922 Himmler uzyskał tytuł inżyniera biologa. Stał się zagorzałym antysemitą. Dzięki intensywnej nauce udało mu się skrócić studia o rok. Poświęcał się dobroczynności, jednak zaczął oddalać się od Kościoła. Po ukończeniu studiów 5 sierpnia 1922 r. szybko, jeszcze w sierpniu znalazł zatrudnienie jako konsultant w fabryce nawozów Stickstoff-Land w Schleissheim, gdzie pracował rok sprzedając nawozy.