W Polsce jest to nieliczny ptak lęgowy głównie na północy i wschodzie kraju. W 1997 roku jej liczebność szacowano na 2900–2950 śpiewających samcówTomiałojć L., Stawarczyk T., 2003, Awifauna Polski. Rozmieszczenie, liczebność i zmiany, PTPP „pro Natura”, Wrocław, s. 629–633, w latach 2013–2018 (dzięki podjętym działaniom ochrony czynnej) na 3200–4500 śpiewających samców. Jest to największe skupisko wodniczki w Unii Europejskiej. Według danych BirdLife International z 2015 roku, w Polsce gniazdowało 29% europejskiej (a tym samym światowej) populacji, 42% populacji żyło na Białorusi i ok. 27% na Ukrainie. Jeszcze kilkadziesiąt lat temu obserwowano gniazdowanie wodniczki niemal na całym niżu, wzdłuż dolin rzecznych, nad zalewami i na podmokłych łąkach; większość tych stanowisk jednak już zanikła. Obecnie (2020) najliczniej występuje na Bagnach Biebrzańskich (około 80% krajowej populacji). Inne, izolowane stanowiska znajdują się w dolinie Narwi, Poleskim Parku Narodowym (Bagnie Bubnów), na torfowiskach węglanowych pod Chełmem, a bardzo nielicznie występuje w północno-zachodniej części kraju – na Bagnach Rozwarowskich i w rejonie Delty Świny (rezerwat społeczny Karsiborska Kępa).