Na początku 2001 rozpoczął rywalizację z Testem o tytuł WWF European Championship. W maju 2001 został wycofany z występów w telewizji ze względu na przymusowy odwyk tracąc tym samym występy w storyline’ie znanym pod nazwą „Inwazja”11 WCW Wrestlers Who Got Booked Poorly During The Invasion, thesportster.com, [dostęp 2023-07-22].. WWF by wytłumaczyć zniknięcie Eddiego Guerrero z telewizji nakreśliło scenariusz z kontuzją zawodnika odniesioną w walce z Albertem. Na początku listopada 2001 został aresztowany za prowadzenie samochodu pod wpływem alkoholu co spowodowało rozwiązanie jego kontraktu z WWF24 WWE Superstars & Legends Who Were Arrested In Real Life, wwfoldschool.com, [dostęp 2023-07-22]..
Po rozwiązaniu umowy z WWF, Guerrero rozpoczął występy w promocjach niezależnych. Pojawił się na galach Ring of Honor (ROH) oraz World Wrestling All-Stars (WWA) gdzie prowadził rywalizację z CM PunkiemWATCH: When a young CM Punk went up against Eddie Guerrero and 47-year-old WWE Superstar, sportskeeda.com, [dostęp 2023-07-22]..