Rozłam w 2004 W styczniu 2004 pomiędzy poszczególnymi podmiotami wchodzącymi w skład Partii Tory pojawił się spór. Jego przedmiotem było pytanie, czy wchodzić w skład rządu Ariela Szarona. Trwały wówczas negocjacje w tej sprawie z rabinem Eljasziwem. Ustalił on, że pięciu deputowanych będzie czekać trzy miesiące przed przyjęciem posad rządowych. Rabbi Ja’akow Arje Alter z dynastii Ger zażądał jednak, aby członkowie Agudat Israel weszli natychmiast w skład gabinetu. Partnerzy z Degel Ha-Tora oskarżyli ich wówczas o brak szacunku dla osoby Eljasziwa. Pomimo tego Ja’akow Litzman zaakceptował oferowane mu stanowisko szefa parlamentarnej komisji finansów. To spowodowało rozłam w partii – członkowie Degel Ha-Tora opuścili ugrupowanie, kończąc dwunastoletnią ścisłą współpracę.
Ponowne zjednoczenie W grudniu 2005 odbyło się spotkanie pomiędzy reprezentantami obu ugrupowań. Jego głównym celem było polepszenie atmosfery w stosunkach pomiędzy oboma organizacjami i przedyskutowanie możliwości nawiązania ponownej współpracy przed wyborami w marcu 2006. Głównym problemem pozostawała kwestia sposobu przyznania poszczególnym partiom miejsc na liście wyborczej. Degel Ha-Tora nalegał, aby obie partie otrzymały równą liczbę miejsc. W przeszłości Agudat Israel otrzymywał nieco więcej miejsc niż jego partner.