Jego nietypowy kształt wynika głównie z układu drogowego w miejscu jego budowy. Arlington Ridge Road i dojazd do Arlington Memorial Bridge przecinają się pod kątem 108°, który jest akurat kątem boków regularnego pięciokąta. Lokalizacja i niska konstrukcja budynku została wybrana przez prezydenta Franklina D. Roosevelta, który chciał uniknąć zakłócenia przez nowy budynek panoramy z dzielnicy rządowej Waszyngtonu w kierunku malowniczych okolic Cmentarza Arlington.

x240px|left|thumb|Budowa Pentagonu, zdjęcie z 1942 x240px|left|thumb|Pentagon na mapie z 1945 x240px|left|thumb|Widok południowo-zachodni (1998) z rzeką Potomac i pomnikiem Waszyngtona w tle

Lata 60. XX w. thumb|Manifestacja pokojowa 21 października 1967 przed głównym wejściem do Pentagonu W latach 60. XX w. budynek Pentagonu był częstym miejscem protestów pokojowych w związku z udziałem Stanów Zjednoczonych w wojnie wietnamskiej. Najbardziej znany tego rodzaju protest miał miejsce 21 października 1967 i przeszedł do historii jako Marsz na Pentagon. Był on zorganizowany przez Youth International Party („Yippies”), która zebrała pod budynkiem 35 tys. osób. Do obrony budynku użyto ok.