Amr Jakub zmarł w roku 879, a jego brat i następca, Amr Ibn Lajs (879 – 902), przyjął bardziej pojednawczą postawę w stosunku do kalifatu, usiłując uzyskać legitymizację swojej władzy nad Chorasanem, co ostatecznie udało mu się w roku 892. Sześć lat później Amr uzyskał od kalifa nominację na namiestnika Mawarannahru, rządzonego do tej pory przez Samanidę Isma'ila (892 – 907). Konflikt z Isma'ilem, który nie podporządkował się woli kalifa, skończył się dla Saffarydów tragicznie. W latach 899 – 900 Samanida pobił w dwóch bitwach oddziały Saffarydów, przy czym w drugiej z nich, stoczonej w pobliżu Balchu, Amr dostał się do niewoli. Wysłany przez Isma'ila do Bagdadu, po rocznym uwięzieniu został stracony przez nie ukrywających radości ze zwycięstwa Samanidów Abbasydów; .
Kontynuacja dynastii Przez krótki czas Saffarydzi rządzili jeszcze w Farsie i Kermanie, ostatecznie jednak utrzymali się tylko w Sistanie, którym władali do momentu jego zajęcia przez Mahmuda z Ghazny w roku 1003;