Życie prywatne Rodzina W latach 1960–1964 jego żoną była Kathryn J. „Kay” Sherman. W 1967 ożenił się z Adelaide Gail Sloatman, z którą był do swojej śmierci. Mieli czworo dzieci: Moon Unit, Dweezil, Ahmet Emuukha Rodan i Diva Thin Muffin Pigeen. Gail Zappa zarządzała biznesowo-muzycznym majątkiem rodzinnym prawnie ustawionym jako Zappa Family Trust aż do jej śmierci 8 października 2015 roku. Poglądy religijne Był ateistą. Znana była stanowcza niechęć Zappy do Kościoła i religii chrześcijańskiej, której szkodliwość uznawał za równą narkotykom i wojnom. Chrześcijaństwo nazywał religią w najwyższym stopniu antyintelektualistyczną. Zapewniał jednak, że nie przeszkadza mu, iż ktoś odczuwa potrzebę przynależenia do jakiejś religii.

Poglądy na narkotyki Zappa nie zażywał narkotyków i odradzał innym ich stosowania. Stwierdził: „Narkotyki nie stają się problemem, dopóki osoba, która je bierze, nie zrobi ci czegoś, co mogłoby wpłynąć na twoje życie, a czego nie chcesz, żeby ci się przytrafiło, jak pilot samolotu, który rozbił się, bo był naćpany”https://archive.ph/20130223085837/http://home.online.no/~corneliu/Part03.html.

Pomimo krytycznego stosunku do narkotyków, Zappa był nałogowym palaczem papierosów.