Stan kolekcji ulegał zmianom w zależności od sytuacji politycznej kraju i warunków rozwoju nauki w Uniwersytecie Jagiellońskim. Pod koniec XVIII wieku w ogrodzie znajdowało się około 3 tys. gatunków roślin, głównie użytkowych. Kolekcja roślin podupadła na początku XIX wieku i dopiero w latach 20. XIX wieku pod kierunkiem Alojzego Estreichera (1786-1852) została odbudowana. Szczególną sławę zyskał Ogród w latach 60. XIX wieku za czasów Ignacego Rafała Czerwiakowskiego (1808–1882)Andrzej Śródka, Uczeni Polscy XIX-XX stulecia: A-G, w: Aries, 1994.. Zbiory podupadły pod koniec XIX wieku i dopiero Marian Raciborski (1863–1917), badacz flory Polski i Jawy rozpoczął ich odnowę na początku XX wieku (założył nowe alpinarium, dział genetyki i zmienności roślin). Swój obecny wygląd ogród zawdzięcza Władysławowi Szaferowi (1886–1970), jednemu z polskich botaników. W latach 1991–2013 dyrektorem był Bogdan Zemanek, za którego kierownictwa przeprowadzono remonty szklarni, kotłowni, Collegium Śniadeckiego i bocznych budynków.
W 1976 Ogród Botaniczny UJ wpisany został do rejestru zabytków, jako cenny obiekt przyrody, pomnik historii nauki, sztuki ogrodniczej i kultury.