Od kwietnia 2008 zarządcą WNT był Bogusław Seredyński. 23 września 2009 został on aresztowany wraz z Weroniką Marczuk-Pazurą w związku z zarzutami korupcji w sprawie prywatyzacji wydawnictwaSkandal z WNT.. Zarzuty te nie potwierdziły się, a aresztowania były niesłusznePo co CBA wywiozła go do Legionowa. Miała tajne cele?, gazeta.pl 22.01.2013..
Od 18 listopada 2010 WNT sp. z o.o. została postawiona w stan likwidacji. Ze stanowiska prezesa oficyny odwołany został Dariusz Nowak. Minister skarbu państwa powołał likwidatora spółki, Zbigniewa Zamoyskiego. W dwukrotnie ogłaszanym przetargu na sprzedaż dwóch budynków i działki przy ul. Mazowieckiej 2/4, gdzie mieści się siedziba wydawnictwa, nie zgłosił się żaden chętny nabywca. Cena wywoławcza wynosiła 20 mln zł nettoWydawnictwa Naukowo-Techniczne do likwidacji?.
W grudniu 2011 wydawnictwo zostało sprzedane firmie M-Partner, właścicielowi księgarni internetowej Drops.pl. W marcu 2012 roku zawiązana została spółka pod nazwą Wydawnictwo WNT, która kontynuowała działalność wydawniczą. W 2016 r. wszystkie prawa, które przysługiwały Wydawnictwu WNT sp.