W latach 1938–1939 pełnił funkcję komendanta Centrum Wyszkolenia Saperów w Modlinie.
Po wybuchu wojny obronnej 1939, z kadry Centrum został sformowany zbiorczy batalion dowodzony przez mjr. Wacława Plewako. Wydzieliła się z niego grupa licząca ok. 25 oficerów i ok. 50 podoficerów wraz z taborem samochodowym, na czele której stanął płk E. Górczyński. Udała się ona na rekonesans na Wołyń w kierunku Sarn, aby zorganizować tam warunki dla dalszej działalności Centrum. W rejonie Kowla wszyscy dostali się jednak do niewoli radzieckiej.
W niewoli sowieckiej i Polskich Siłach Zbrojnych Pułkownik E. Gorczyński został osadzony w obozie w Starobielsku. Jego relacja z obozu przechowywana jest w Instytucie Polskim i Muzeum Sikorskiego w Londynie. Od 1940 był osadzony w obozie jenieckim NKWD w Griazowcu. 10 października 1940 został przewieziony do Moskwy, gdzie był przesłuchiwany i uczestniczył w rozmowach z przedstawicielami władz sowieckich. Od 31 października 1940 przebywał w tzw. „willi rozkoszy” w Małachówce. Podczas pobytu tam zajmował się tłumaczeniem podręczników w swojej dziedzinie wojskowości. Był w grupie kilku starszych oficerów, którzy przystali na propozycję tworzenia wojska polskiego przy armii ZSRR. Na mocy układu Sikorski-Majski z 30 lipca 1941 odzyskał wolność, po czym wstąpił do formowanej Armii Polskiej w ZSRR gen.