II wojna światowa 6 września 1939 r. z warszawskiego Dworca Wschodniego rusza w kierunku Równego, gdzie BGK miał swój oddział, specjalny pociąg ewakuacyjny zorganizowany przez prezesa Góreckiego. W Równem miała znajdować się tymczasowa siedziba BGK na czas wojny. W Warszawie pozostała część kierownictwa, niezbędna do bezpośredniego zarządzania Bankiem. W pociągu znajdowały się najważniejsze dokumenty banku, papiery wartościowe, depozyty, w tym depozyty z Pelplina i Biblioteki Narodowej (np. Biblia Gutenberga, Kazania Świętokrzyskie, partytury Chopina) oraz 2,4 mln złotych w gotówce. Ewakuowanych zostało także ok. 350 pracowników centrali wraz z rodzinami.

BGK na emigracji 17 września 1939 r., czyli w dniu agresji sowieckiej, wicepremier i minister skarbu Eugeniusz Kwiatkowski wydał prezesowi BGK polecenie ewakuacji całego sztabu kryzysowego BGK do Rumunii. Kierownictwo BGK sporządziło notatkę, że czyni to na wyraźne polecenie „władz tak bezpośrednich, jak i nadzorczych” i 17 września przekroczyło w Kutach granicę polsko-rumuńską. Tymczasową siedzibą emigracyjnego kierownictwa BGK stał się na krótko Bukareszt, a następnie Paryż, skąd po klęsce Francji w czerwcu 1940 r. kierownictwo BGK przenosi się do Londynu.