Na terenie cmentarza odbywali karę kuny drobni przestępcy, jawnogrzesznice, opilcy i bluźniercy. Kuna była umieszczona przy wychodzących na cmentarz drzwiach kościoła Mariackiego (zachowana). W kościelnej kruchcie znajdowała się również niewielka cela więzienna, której zakratowane okienko wychodziło na cmentarz. Miało to wywołać skruchę u przebywających w niej więźniów skazanych za niewielkie wykroczenia. Na terenie cmentarza wznosiła się też latarnia umarłych, czyli kolumna, na szczycie której w nocy płonęło światłoMarek Żukow-Karczewski, Cmentarze dawnego Krakowa, „Echo Krakowa”, 31 X – 1 XI 1989 r., nr 212 (13021)..
Cmentarz zlikwidowano w 1796 r.M. Rożek, Przewodnik po zabytkach Krakowa, WAM, Kraków 2010, s. 448. ze względu na biskupi zakaz grzebania zmarłych w obrębie murów z 1795 r. oraz w wyniku wprowadzenia w 1797 r. przez cesarza Austrii Józefa II nowych przepisów sanitarnych zakazujących urządzania cmentarzy i pochówków w granicach miast. Zburzono mur, splantowano teren. Późnobarokową figurę Marii z bramy cmentarnej przeniesiono przed kościół oo. kapucynów i osadzono na kolumnie. U zbiegu ulic Podwale i Kapucyńskiej stała do 1941, gdy przeniesiono ją w obecne miejsce na Planty, u wylotu ul. Jagiellońskiej.