W 1622 roku biskup krakowski Marcin Szyszkowski oficjalnie pozwolił jezuitom na prowadzenie szkoły humanistycznej w Krakowie, a rok później Zygmunt III Waza wydał akt erekcyjny kolegium.
Założenie szkoły jezuickiej wywołało silny opór środowisk związanych z Akademią Krakowską, które z niechęcią zapatrywały się na działalność edukacyjną zakonu. Drukowano pamflety i wygłaszano mowy zwalczające koncepcje jezuitów. Eskalacja sporu nastąpiła w latach 20. XVII wieku – w 1623 roku zakonnicy podjęli decyzję o otwarciu w kolegium przy Grodzkiej kursu teologii, co przez profesorów krakowskich zostało uznane za bezpośredni atak i chęć utworzenia konkurencyjnej akademii. Rywalizacja przeniosła się na ulice: w salach wykładowych kolegium jezuickiego tłum wybijał szyby, a pod oknami urządzano tzw. „kocią muzykę”, zagłuszając wykłady jezuitów i uniemożliwiając działalność szkoły. Akademia podjęła także międzynarodowe starania o zamknięcie kolegium zakonnego, co po śmierci Zygmunta Wazy w 1632 r. i przejęciu władzy przez jego syna Władysława IV zostało zwieńczone sukcesem. W 1634 roku papież Urban VIII oraz król nakazali zamknięcie kolegium. Od tej pory jezuici mogli kształcić w Krakowie tylko swoich własnych zakonników.