Przez dalsze kilkanaście lat lokowano w budynku pojezuickim rozmaite urzędy i instytucje, a właściciele zmieniali się niekiedy w kilkumiesięcznych odstępach.
W latach 1815–1846 mieścił się tutaj Senat Wolnego Miasta Krakowa i sądy. W tym okresie podjęto szereg prac remontowych i adaptacyjnych, a w 1846 r. w miejscu wyburzonej kilka lat wcześniej Bursy Prawników wzniesiono nowe skrzydło budynku. Po upadku Rzeczypospolitej Krakowskiej w kolegium mieściły się różnego rodzaju sądy austriackie, na których potrzebę dokonano dalszej rozbudowy, m.in. w 1878 r. wydłużając wschodnio-zachodnie skrzydło i dodając skrzydło poprzeczne. W okresie XX-lecia międzywojennego budynek w dalszym ciągu zajmowały instytucje sądowe: Sąd Apelacyjny oraz Sąd Okręgowy Cywilny. W okresie okupacji niemieckiej na ul. Grodzkiej 52 siedzibę miały zachowany przez okupanta Sąd Okręgowy (w 1943 r. przeniósł się na ul. Krakowską) oraz tzw. Sądy Niemieckie oraz Wydział Sprawiedliwości przy Urzędzie Szefa Dystryktu GG. W sierpniu 1944 r., w obawie przed przechwyceniem przez Sowietów urzędnicy niemieccy spalili na dziedzińcu znaczną część wytworzonej przez sądy okupacyjne dokumentacji. Również po wojnie na Grodzkiej 52 siedzibę swoją miały polskie instytucje sądowe, aż do 1971 r., kiedy to przeniesiono je do nowo wybudowanego gmachu na ul.