Był wśród pierwszych schwytanych baronów narkotykowych, a pozostali wysocy przedstawiciele gangu poddali się dobrowolnie poza jego bratem Miguelem, który został zatrzymany przez DEA.
Jego przyjaciel, z którym zakładał kartel, Jose Santacruz Londoño, został zastrzelony rok później w trakcie próby zatrzymania.
Gilberto Rodríguez Orejuela został skazany na 15 lat więzienia, skrócone ostatecznie do 7 lat w nagrodę za dobre sprawowanie i częściowe przyznanie się do winy.
W listopadzie 2002 czasowo uwolniono go na skutek kontrowersyjnej decyzji sędziego Pedro José Suáreza, który uważał, że skrócenie kary jest możliwe przez zastosowanie habeas corpus.
Cztery miesiące później został ponownie schwytany i oskarżony o kolejne przestępstwo - wysłanie 150 kilogramów kokainy do Stanów Zjednoczonych w 1990, w związku z czym można było go ponownie aresztować.
USA początkowo oskarżyły go o kontynuowanie nielegalnych działań z kolumbijskiego więzienia w którym go przetrzymywano od połowy lat 90., a w szczególności o transport narkotyków do Stanów w 1997.
Gilberto Rodríguez Orejuela został wydany USA 3 grudnia 2004, a jego brat Miguel 11 marca 2005.