21 stycznia 1954 wykonanie wyroku zasugerował Antoni Skulbaszewski, czemu sprzeciwił się Stanisław Zarakowski. 25 stycznia 1954 przewodniczący Rady Państwa, Aleksander Zawadzki skorzystał z prawa łaskiJerzy Poksiński Stalinowskie represje wobec oficerów Wojska Polskiego 1949–1956, wyd. Bellona, Warszawa 2013, s. 149–153.. Osadzony w Zakładzie Karnym we Wronkach Skibiński podjął głodówkę, protestując przeciwko niesprawiedliwemu wyrokowi. 4 kwietnia 1956 Najwyższy Sąd Wojskowy wznowił postępowanie w jego sprawie, a po dwóch dniach Naczelna Prokuratura Wojskowa umorzyła je z powodu braku dowodów winy.

W 1963 obronił doktorat za pracę pt. „Bitwa w Normandii we wrześniu 1944 roku”. W latach 1957–1964 był szefem Biura Studiów MON. W sierpniu 1964 przeszedł w stan spoczynku.