Stopniowo władze niemieckie dążyły do germanizacji Żydów zamieszkujących teren Prus. Promowano asymilację, zniesiono wiele ograniczeń gospodarczych i społeczno-politycznych, ale tylko dla Żydów naturalizowanych (zasymilowanych), którym przyznano pełnię praw publicznych. W 1842 roku było w mieście 138 Żydów naturalizowanych. Z tego też powodu wielu Żydów zaczęło osiedlać się w różnych częściach Skwierzyny, wychodząc poza granice dzielnicy tradycyjnie żydowskiej (najbogatsi nawet na rynku).
W 1833 roku otwarto nową żydowską szkołę elementarną, w której rektorem został Dawid Meyer. Natomiast 1 stycznia 1841 roku miało miejsce uroczyste otwarcie nowej synagogi, która stanęła przy ulicy Krzywej, dzisiejszej Władysława Jagiełły. Oprócz tych nowych instytucji, w owym czasie w Skwierzynie działał także żydowski szpital i (od 1865 roku) sierociniec przy ulicy Pocztowej, dziś Józefa Piłsudskiego.