W dniach 21–25 sierpnia 1943 brał udział w III Zjeździe OUN we wsi Złota Swoboda, gdzie Mykoła Łebed i Mychajło Stepaniak skrytykowali taktykę UPA na Wołyniu, określając działania podjęte przeciwko Polakom jako „bandyckie”. Grupa działaczy OUN z Wołynia podjęła jednak obronę „Kłyma Sawura”, domagając się powtórzenia doświadczeń z Wołynia także na terenie Galicji. Ostatecznie zwolennicy Klaczkiwskiego znaleźli się na zjeździe w większości. Jak relacjonował następnie Stepaniak:

Roman Szuchewycz początkowo miał pewne zastrzeżenia do wołyńskiej taktyki Klaczkiwskiego, które jednak zniknęły po jego wizycie na Wołyniu jesienią 1943. 27 sierpnia 1943 na mocy rozkazu nr 3 Klaczkiwski stanął na czele Głównego Dowództwa UPA. W końcu tego samego roku, po reorganizacji sił UPA, został dowódcą grupy armii UPA-Piwnicz (Północ).

Odpowiedzialność za rzeź wołyńską

Z jego inicjatywy oddziały UPA rozpoczęły rzeź wołyńską. Chociaż Klaczkiwski uważał za główny cel działań podległych mu oddziałów walkę z Niemcami i Sowietami, równocześnie uznał za nieodzowne wyeliminowanie „elementów niepożądanych, do których OUN zaliczała również Polaków.