Nestoridisem (król strzelców nieprzerwanie w latach 1958–1963), i wypożyczeniem napastnika Dimitrisa Papaioannou w 1962, AEK zdobył tytuł mistrza w roku 1963.
Papaioannou, zwany przez kibiców AEK „Mimisem”, zdobył dwa gole w meczu rewanżowym finału playoffu z Panathinaikosem, ustalając wynik na 3:3, dając AEKowi pierwszy po wojnie tytuł, wywalczony dzięki bramkom na wyjeździe. Niemała była w tym zasługa węgierskiego szkoleniowca Jenő Csaknadyego.
Klub kontynuował swoją świetną passę, zwyciężając w pucharze Grecji dwukrotnie – w 1964 i 1966, i dzięki powrotowi Csaknadyego na stanowisko trenera w 1968 oraz znakomitym piłkarzom, takim jak; Kostas Nikolaidis, Giorgos Karafeskos, Panagiotis Ventouris, Fotis Balopoulos, Spyros Pomonis, Alekos Iordanou czy Nikos Stathopoulos, AEK wygrał mistrzostwo w tym roku i jako pierwszy grecki klub piłkarski zagrał w ćwierćfinale Pucharu Mistrzów. Dalsze wzmocnienia umożliwiły wywalczenie przez klub swojego piątego czempionatu w roku 1971