Studia zaczął zaocznie na wydziale leśnictwa Uniwersytetu Monachijskiego. W latach 1947–1951 studiował niemiecką literaturę współczesną, filozofię i historię. Studia zakończył w 1951 roku obroną pracy doktorskiej „Liryka Lenaua jako wyraz metafizycznej rozpaczy”. Z teologią miał do czynienia na studiach tylko przez około rok: słuchał wykładów z dziedziny prawa, teologii, filozofii i psychologii w Wyższej Szkole Filozoficzno-Teologicznej w Bambergu (obecnie Uniwersytet Ottona i Fryderyka w Bambergu)Deschner.info.. W związku małżeńskim, który zawarł w 1951 z Elfi Tuch, urodziło się troje dzieci: Katja, Bärbel i Thomas.
W 1998 roku został laureatem nagrody im. Arno SchmidtaArno Schmidt Preis 1988 für Karlheinz Deschner. Arno Schmidt Stiftung Bargfeld, 1988 ., w 1993 otrzymał International Humanist Award i Alternativer BüchnerpreisDeschner.info.. W 2001 przyznano mu nagrodę Erwina FischeraErwin-Fischer-Preis an Karlheinz Deschner..
W 1971 roku stanął przed sądem w Norymberdze oskarżony o znieważanie KościołaKarlheinz Deschner, Polityka papieska w XX wieku, Gdynia 1997, t. 1, s. 475.. Sąd nie dostrzegł okoliczności uzasadniających oskarżenie o zniewagę.