Pod względem siedliskowym Puszcza Niepołomicka składa się z dwu znacznie różniących się od siebie kompleksów: kompleks większy – tworzy właściwa puszcza, położona na południu, między rzeką Drwinką a linią kolejową z Krakowa do Bochni. Składa się ze wszystkich typów borów (mieszanego, sosnowego – świeżego i suchego, bagiennego – koło Baczkowa), olsów oraz małych fragmentów lasu liściastego. Lite bory sosnowe zajmują ponad 80% całego kompleksu, z bardzo małą domieszką brzozy pochodzenia naturalnego oraz dębu i olchy czarnej. kompleks mniejszy – obejmuje obszary, położone na północ od Drwinki, nad Wisłą. Jest to kompleks liściasty, częściowo rozwinięty na osuszonych starorzeczach. Występują: dąb, olcha, grab, brzoza, sosna, z niewielką domieszką: lipy, jesionu, wiązu, topoli i świerka.
Na torfowisku Wielkie Błoto znajduje się najdalej na południowy zachód w Polsce wysunięte stanowisko brzozy niskiej. Do najciekawszych spośród występujących roślin bagiennych należy zaliczyć: modrzewnicę pospolitą, żurawinę błotną, wełniankę pochwowatą oraz częściowo chronione bagno zwyczajne. Rosną również ciekawe gatunki górskie, jak na przykład: przywrotnik prawie nagi, rzodkiewnik Hallera, przetacznik górski i drzewo – olcha szara.