W czasie II wojny światowej grali oni na emigracji w drużynie Armii Polskiej, która pokonała m.in. Anglię (4:0) i Irak (6:1). Czasy powojenne nie przyniosły już klubowi większych sukcesów. Powstawały (szczególnie w latach 50.) liczne sekcje sportowe, ale trzeba było czekać dopiero do lat 90., aby klub mógł znów odnosić sukcesy. Stało się to za sprawą piłkarskiej drużyny kobiecej i jej występów w I lidze kobiet.
W ostatnich sezonach Podgórze odnotowuje postęp piłkarzy za sprawą trenera, byłego piłkarza Wisły Kraków, Grzegorza Patera. Po sezonie 2010/11 klub, wskutek likwidacji V ligi w Malopolsce, awansował o 2 szczeble rozgrywkowe z 8 na 6 poziom.
Statystyki Przedwojenne sezony sezonoficjalna nazwa ligi lokata/ogółemgryzw-rem-porbramkipktuwagi1920B klasa Kraków4/610??9Mistrzostw Polski nie dokończono1921B klasa Kraków2/712??151922B klasa gr.II Kraków1/58???porażka w eliminacjach do A klasy1923B klasa Kraków5/916???1924-25B klasa Kraków1/?????porażka w eliminacjach do A klasy1926B klasa Kraków1/?????1927Liga Okręgowa Kraków3/1120???od tego sezonu wprowadzono rozgrywki ligowe1928A klasa Kraków 2/1120?321929A klasa Kraków 1/1018???porażka w eliminacjach do Ligi1930A klasa Kraków 4/1222???1931A klasa gr.I Kraków 1/814??20porażka w eliminacjach do Ligi1932A klasa gr.I Kraków 1/58???awans po eliminacjach do Ligi1933Liga