Pomyślny rozwój kraju i jego mieszkańców został zahamowany podczas wojny trzydziestoletniej (1618–1648), w trakcie której został on niemal doszczętnie zniszczony. Po jej zakończeniu miała miejsce jego powolna odbudowa, a Hradec Králové stał się jednym z głównych ośrodków kontrreformacji w Czechach. Tutaj w 1636 roku założono Kolegium Jezuickie, a w 1664 roku ufundowano diecezję hradecką Kościoła katolickiego, będącego sufraganią archidiecezji praskiej. Proces ten został zakończony w XVIII wieku, mimo to region zamieszkiwało jeszcze wielu protestantów. Rosnące zobowiązania chłopów względem szlachty prowadziły do licznych rebelii, z których największa miała miejsce w 1775 roku.
Przełom XVIII i XIX wieku przyniósł pewną stabilizację gospodarczą. Założono manufaktury w Potštejnie i Trutnovie. Przystąpiono do eksploatacji rud żelaza i innych, w tym srebra w Karkonoszach oraz produkcji szkła w Górach Orlickich, a w okolicach Žacléřu i Jestřebí rozwoju wydobycia węgla kamiennego.