Vogtsa zdymisjonowano we wrześniu 1998 roku po towarzyskim turnieju na Malcie, po tym jak zarzucano mu zbytnie przywiązanie do defensywy, brak polotu i złe przygotowanie fizyczne. Bilans jego ośmioletniej pracy z kadrą: 102 mecze – 67 zwycięstw, 23 remisy i 12 porażek.
Do pracy szkoleniowej powrócił dopiero w październiku 2000 roku. Do końca sezonu 2000-01 prowadził Bayer 04 Leverkusen, z którym zajął czwarte miejsce w lidze, premiowane startem w eliminacjach do Ligi Mistrzów. Tuż po zakończeniu rozgrywek trenerowi podziękowano za współpracę i na jego miejsce zatrudniono Klausa Toppmöllera.
Później przez pół roku pracował z reprezentacją Kuwejtu. Nie zdołał z nią awansować do Mundialu 2002 i otrzymał wymówienie.
Od 2002 do 2004 roku jako pierwszy obcokrajowiec w historii był selekcjonerem reprezentacji Szkocji. Dwuipółletnia kadencja Niemca oceniana jest powszechnie bardzo krytycznie, zdaniem szkockich dziennikarzy trener przyczynił się do pogłębienia kryzysu piłkarskiego w tym kraju. Szkoci prowadzeni przez Vogtsa zwycięstwo odnieśli dopiero w siódmym meczu, w sumie na 30 spotkań wygrali tylko 8 (6 remisów i 16 porażek, bramki 26-49). Mimo remisu z Wyspami Owczymi i przegranej z Litwą udało im się awansować do barażów Euro 2004, w których ulegli Holandii (1:0 i 0:6).