Chór i 24-głosowe organy Chór muzyczny kościoła, wsparty na dwóch, masywnych filarach, znajduje się powyżej sklepionej krzyżowo kruchty. Organy na chórze, osadzone w modrzewiowym, rokokowym prospekcie pochodzącym z XVIII w., były początkowo jedenastogłosowe. Kilkakrotnie poddawano je gruntowym naprawom.
W latach osiemdziesiątych XX w. podjęto decyzję o przeprowadzeniu kolejnego kapitalnego remontu, zwiększając jednocześnie liczbę głosów do 24. Wynajęta firma zbudowała nowe organy w 1987 r., zaś w następnym roku zamontowała je na kościelnym chórze. Organy mają dwa manuały i pedał, łącznie 24 głosy, oraz klapowo-zasuwowe wiatrownice. Służą dziś zarówno do celów liturgicznych (Mszy św. i nabożeństw w kościele), jak też do organizowania koncertów (np. wakacyjnego festiwalu muzycznego).
Transept południowy Południowy transept kościoła zwrócony jest w kierunku przylegającego do niego klasztoru. W transepcie znajdują się dwa ołtarze: św. Franciszka oraz Miłosierdzia Bożego. Polichromowany, barokowy ołtarz św. Franciszka zbudowany został w XVII w. W jego głównym polu umieszczony jest obraz olejny stygmatyzacji św. Franciszka. Powyżej, w zwieńczeniu ołtarza, umieszczono obraz drugiego patrona świątyni – św. Jana Chrzciciela, w otoczeniu grających na trąbach aniołów.
thumb|240px|Ołtarz boczny Miłosierdzia Bożego