Najtrudniejszym okresem dla sanktuarium był czas po upadku powstania styczniowego. Za pomoc udzielaną powstańcom klasztor franciszkanów skasowano (w listopadzie 1864 r.), a jego mieszkańców wywieziono, do obsługi kościoła zostawiając tylko jednego księdza. W późniejszych latach obsługę duszpasterską kościoła w Łagiewnikach sprawowali księża diecezjalni z pobliskiego Zgierza.
Jednym z nielicznych radosnych wydarzeń w tych czasach było utworzenie przy łagiewnickim kościele parafii pw. św. Antoniego Padewskiego i św. Jana Chrzciciela, która rozpoczęła działalność 1 stycznia 1902 r. Stało się tak w następstwie starań i licznych pisemnych próśb okolicznej ludności.
Dzieje najnowsze Obie wojny światowe spowodowały znaczne zniszczenia. Podczas kapitalnych remontów, przeprowadzonych w latach 50. XX w., naprawiono m.in. dach kościoła, wyremontowano wiele elementów ołtarzy, założono nową instalację elektryczną i radiofoniczną, odnowiono kryptę o. Rafała Chylińskiego, otynkowano kościół na zewnątrz i pomalowano wewnątrz. Dzięki pracom renowacyjnym – przeprowadzanym również w późniejszych latach – udało się zachować jego dawny, XVIII-wieczny styl. W 1946 r. kościół, przylegający do niego klasztor, dzwonnicę oraz dwie ocalałe kaplice św. Antoniego oraz św.