Kaplica boczna bł. Rafała Kaplica bł. Rafała Chylińskiego znajduje się w północnej części kościoła, w miejscu dawnej zakrystii. Około 1824 r. została ona przebudowana dzięki staraniom ówczesnego gwardiana, o. Karola Chełstowskiego. Działania te miały na celu przygotowanie godnego miejsca, w którym zostałyby złożone relikwie sługi Bożego o. Rafała Chylińskiego po jego ewentualnej beatyfikacji w przyszłości. Beatyfikacja ta odbyła się dopiero w 1991 r.
thumb|240px|Wejście do kaplicy bł. Rafała Chylińskiego Na pocz. XIX w. w ołtarzu w kaplicy znajdował się obraz Przemienienia Pańskiego, a w późniejszym czasie – krzyż. Obecnie to miejsce zajmuje obraz bł. Rafała Chylińskiego, autorstwa współczesnego malarza. U stóp ołtarza ustawiona jest trumna z relikwiami tego błogosławionego, osłonięta metalową kratą.