W 1947 dostaje zaproszenie z uniwersytetu Columbia w Nowym Jorku, gdzie wykłada historię gospodarczą. Pozostaje tam do emerytury (1957). Przez te lata mieszka jednak w Kanadzie, gdyż jego żonie, jako byłej komunistce, odmówiono wizy. W latach pięćdziesiątych grant z Fundacji Forda umożliwił mu podjęcie projektu studiów nad systemami gospodarczymi starożytnych imperiów, co pozwoliło na rozwinięcie wątków zarysowanych w Wielkiej Transformacji. Rezultatem stała się zbiorowa publikacja, którą zredagował Polanyi wspólnie z C. Arensbergiem i H. Personem: Handel i rynek we wczesnych imperiach (Trade and Market in the Early Empires, 1957).
Polanyi zmarł w 1964 w swoim domu w Pickering (Ontario). Część jego prac ukazała się dopiero po jego śmierci. Z inicjatywy Węgierskiej Akademii Nauk, w setną rocznicę urodzin Polanyiego ciało jego i jego żony spoczęły na cmentarzu w Budapeszcie.
Polanyi był krytykiem rynku i kwestionował jego zdolność do samoregulacji, co sytuowało go w opozycji do klasycznej ekonomii. Uważał, że zjawiska gospodarcze i społeczne należy postrzegać całościowo, z uwzględnieniem konkretnego kontekstu historycznego.