Rozpad Grunwaldu W wyniku niekorzystnych warunków prawdopodobnie na przełomie 1939 i 1940 roku doszło do rozłamu w organizacji. Część struktur znalazło się w ramach Komendy Obrońców Polski (KOP), inne weszły w skład Służby Zwycięstwu Polski. W wyniku trudnych warunków działalności i licznych aresztowań, w grudniu 1939 roku mjr Cerklewicz przeniósł się z Torunia do Warszawy. Wraz z mjr Cerklewiczem Toruń opuściło kilku jego współpracowników (m.in. ppłk Julian Królikowski, Tycner, dr Leon Wasilewski). Od tego momentu komenda organizacji mieściła się w Warszawie, co negatywnie wpłynęło na pracę i łączność z pozostałymi komórkami Grunwaldu. Po aresztowaniach niektórych członków kierownictwa Grunwanldu, mjr Cerklewicz nawiązał kontakt z KOP. W Komendzie Głównej KOP mjr Cerklewicz został szefem wydziału wojskowego. W 1941 roku został aresztowany przez Gestapo i wywieziony do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, gdzie zmarł jeszcze w tym samym roku.
W grudniu 1939 roku Toruń opuścił również poszukiwany przez Gestapo członek kierownictwa Grunwaldu chor. Edward Scheinder ps. „Czaszka”. W Warszawie nawiązał kontakt z szefem II Oddziału Dowództwa Głównego SZP mjr Wacławem Berką. Według historyka Andrzeja Gąsiorowskiego podczas spotkania chor.