Nowożytność thumb|200px|Sukiennice W 1521 r. zmarł Walentyn Przemyślida, który nie pozostawił po sobie żadnego potomka, a Księstwo Raciborskie wróciło znów do Piastów, a mianowicie księcia opolskiego Jana II Dobrego z górnośląskiej linii Piastów. Wydał on w 1531 r. tzw. przywilej Hanuszowy. W czasach księstwa opolsko-raciborskiego Racibórz wraz z Opolem, Prudnikiem, Gliwicami, Żorami i Koźlem był własnością króla Czech.
Rok 1551 przyniósł nowych władców, a byli nimi Habsburgowie, którzy objęli całą Koronę Czeską. W XVII w. przez miasto przetoczyła się fala zniszczeń za sprawą wojny trzydziestoletniej. W 1683 r. mieszczanie zgotowali gorące powitanie królowi polskiemu Janowi III Sobieskiemu, który jechał z wojskiem na Odsiecz wiedeńską. W liście do królowej Marysieńki Sobieski opisał Racibórz krótko: Miasto tuteczne barzo piękne y obronneList pisany z Opawy 25 sierpnia.
W XVIII wieku Racibórz podlegał inspekcji podatkowej w Prudniku. Wiek XVIII przyniósł kolejne zmiany, po wojnie prusko-austriackiej o Śląsk miasto zostało wcielone do Królestwa Pruskiego. Był to dla Raciborza okres szczególnie szybkiego rozwoju gospodarczego. W 1846 r. wybudowano linię kolejową, która dwa lata później połączyła Berlin z Wiedniem.