Wieś położona w województwie krakowskim wchodziła wraz z folwarkiem w 1662 r. w skład hrabstwa tęczyńskiego Łukasza OpalińskiegoJacek Pielas, Podział latyfundium Łukasza Opalińskiego, marszałka nadwornego koronnego z lat 1668–1670, w: Inter maiestatem ac libertatem. Studia z dziejów nowożytnych dedykowane Profesorowi Kazimierzowi Przybosiowi, red. J. Stolicki, M. Ferenc, J. Dąbrowski, Kraków 2010, s. 159.. W XVII w. odkryto lecznicze właściwości tutejszych wód siarczanych. Pierwszy zapis o wykorzystaniu tutejszych wód siarczanych w celu leczenia bydła dokonany został przez miejscowego proboszcza ks. Bernarda Bocheńskiego, w kronice parafialnej w 1625 r. thumb|Zdrój Główny Największe znaczenie dla współczesnego charakteru Krzeszowic jako uzdrowiska miał trzeciorzęd (60–1 mln lat p.n.e.), a ściślej – morze mioceńskie, które zalało Rów Krzeszowicki, utworzony wcześniej pod wpływem alpejskich ruchów górotwórczych. W specyficznych warunkach terenowych na dnie morza, wśród iłów, wytrącał się z wody siarczan wapnia, czyli gips. Na skutek działania materii organicznej, zawartej w sąsiadujących z gipsem pokładach, zostaje on zredukowany.