10 listopada 1986 roku ukazał się trzeci album studyjny Fates Warning pt. Awaken the Guardian. Cieszące się popularnością wydawnictwo dotarł do 191. miejsca listy Billboard 200 w USA, była to również pierwsza płyta wydana przez firmę Metal Blade Records która trafiła do zestawienia. Pomimo sukcesu Arch niezadowolony z obranego stylu muzycznego opuścił Fates Warning. W następstwie pozostali członkowie wyrazili chęć zmiany nazwy, na co nie wyraziła zgody firma Metal Blade Records. Muzycy kontynuowali działalność Fates Warning wraz z Rayem Alderem, który objął funkcję wokalisty.
W odnowionym składzie zespół zarejestrował czwarty album zatytułowany No Exit, wydany 30 marca 1988 roku. Na płycie znalazła się m.in. ponad dwudziestominutowa kompozycja "The Ivory Gate of Dreams" autorstwa Matheosa. Nagrania były promowane teledyskami do utworów "Anarchy Divine" i "Silent Cries". Wydawnictwo trafiło także na 111. miejsce zestawienia Billboard 200. Stabilność w zespole zachwiała kolejna zmiana składu. Jeszcze w 1988 roku odszedł Zimmerman, którego zastąpił Mark Zonder związany wcześniej z power metalową grupą Warlord. alt=Fates Warning|lewo|mały|Fates Warning na KIT Festival (2016) alt=Fates Warning|mały|Fates Warning na KIT Festival (2016) 29 sierpnia 1989 roku ukazał się piąty album formacji zatytułowany Perfect Symmetry.