Był w tym okresie członkiem Rady Północnoamerykańskiego Studium Spraw Polskich (Studium: the North American Study Center for Polish Affairs) i zastępcą redaktora naczelnego kwartalnika Studium Papers a od połowy lat dziewięćdziesiątych – redaktorem naczelnym rocznika Periphery: Journal of Polish Affairs wydawanego przez Saint Mary’s College. Początkowo zajmował się głównie krytyką literacką. Po uzyskaniu w 2005 r. statusu pokrzywdzonego przez kilka lat prowadził badania w oparciu o materiały archiwalne przechowywane w Instytucie Pamięci Narodowej.
17 maja 2006 r. opublikował w Życiu Warszawy artykuł, w którym ogłosił, że w latach 1960–1984 ks. Michał Czajkowski współpracował ze Służbą Bezpieczeństwa PRL. Artykuł wywołał szok społeczny i wywarł wpływ na proces lustracji w Kościele. Ksiądz Czajkowski początkowo zaprzeczył informacjom zawartym w aktach, po czym przyznał się do części zarzutów. W lipcu tegoż roku, redakcja miesięcznika Więź opublikowała specjalny numer pisma potwierdzający i dokumentujący fakt współpracy księdza z bezpieką. W kilka miesięcy później, badając akta biskupa Jerzego Dąbrowskiego, Witkowski doszedł do wniosku, że w teczce ks. Czajkowskiego mogły się omyłkowo znaleźć niektóre z materiałów dostarczonych przez ks. Dąbrowskiego wywiadowi PRL.