W 1996 roku Basler podpisał kontrakt z Bayernem Monachium, również grającym w Bundeslidze. Pierwszy ligowy mecz zaliczył tam 16 sierpnia 1996 roku przeciwko FC St. Pauli (2:1). W tamtym pojedynku strzelił także bramkę. Barwy Bayernu reprezentował przez 3 lata. W tym czasie rozegrał tam 78 ligowych spotkań i zdobył 18 goli. Z Bayernem zdobył także 2 mistrzostwa Niemiec (1997, 1999), Puchar Niemiec (1998), 3 Puchary Ligi Niemieckiej (1997, 1998, 1999). W 1999 roku wystąpił z nim także w finale Ligi Mistrzów, jednak Bayern uległ tam Manchesterowi United.
W listopadzie 1999 roku Basler ponownie został graczem klubu 1. FC Kaiserslautern. W 2003 roku dotarł z nim do finału Pucharu Niemiec, jednak Kaiserslautern przegrał tam z Bayernem Monachium. Tym razem w Kaiserslautern spędził 4 lata. Zagrał tam w 91 meczach i zdobył 8 bramek. W 2003 roku odszedł do katarskiego Ar-Rajjan SC. W 2004 roku zakończył tam karierę.
W 2011 wznowił nietypowo karierę zostając zawodnikiem klubu BC Augsurg-Oberhausen, ponieważ przegrał zakład na polu golfowym.