W 2004 roku Fredi Bobic ponownie wziął udział w Mistrzostwach Europy. Wystąpił podczas nich w meczach z reprezentacją Holandii (1−1) i reprezentacją Łotwy (0−0). Z tamtego Euro Niemcy odpadli po fazie grupowej.
W latach 1994–2004 w drużynie narodowej Fredi Bobic rozegrał w sumie 37 spotkań i zdobył 10 goli.
Praca w zarządach klubowych Po zakończeniu kariery piłkarskiej Bobic związał się z pracą działacza sportowego. Pierwsze doświadczenie na tym stanowisku zdobył jako dyrektor generalny bułgarskiego FK Czornomorec Burgas, dokąd ściągnął go dawny kolega klubowy z VfB Stuttgart, Krasimir Bałakow. W 2010 wrócił do Niemiec, obejmując stanowisko dyrektora sportowego w swoim byłym klubie, VfB Stuttgart, gdzie później zasiadał także w zarządzie klubu.
W 2016 przeszedł do Eintracht Frankfurt, obejmując funkcję członka zarządu ds. sportowych. Pod jego kierownictwem klub sprowadził m.in. Lukę Jovicia i Ante Rebicia, a w 2018 wywalczył Puchar Niemiec. W maju 2021 rozwiązał kontrakt z Eintrachtem za porozumieniem stron i od 1 czerwca 2021 objął funkcję dyrektora zarządzającego w Hertha BSC, klubie, w którym wcześniej występował jako zawodnik.