W 2007 roku Scholl zakończył karierę z liczbą 334 meczów i 87 bramek w barwach Bayernu.
Kariera reprezentacyjna W latach 1991–1992 Scholl rozegrał 5 spotkań i zdobył 3 bramki w reprezentacji Niemiec U-21. 26 kwietnia 1995 roku w zremisowanym 1:1 meczu eliminacji Mistrzostw Europy 1996 z Walią zadebiutował w seniorskiej kadrze Niemiec.
29 maja 1996 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim pojedynku z Irlandią Północną strzelił pierwszego gola w drużynie narodowej. W tym samym roku został powołany do kadry na Mistrzostwa Europy. Zagrał na nich w meczach z Chorwacją (2:1), Anglią (1:1, 7:6 po rzutach karnych) oraz w finale z Czechami (1:1, 2:1 po dogrywce). Reprezentacja Niemiec została triumfatorem tamtego turnieju.
W 1999 roku znalazł się w kadrze na Puchar Konfederacji. Wystąpił tam w pojedynkach z Brazylią (0:4) i Nową Zelandią (2:0). Tamten turniej Niemcy zakończyli na fazie grupowej.
W 2000 roku Scholl wziął udział w Mistrzostwach Europy. Wystąpił na nich w spotkaniach z Rumunią (1:1, gol w 28. minucie), Anglią (0:1) oraz z Portugalią (0:3).