Po powstaniu styczniowym klasztor uległ likwidacji (8 listopada 1864), a na zakonników spadły carskie represje. W budynku klasztornym umieszczono m.in. szkołę i dom dla biedoty. Zakonnicy odzyskali budynek dopiero po 54 latach.
Podczas II wojny światowej znajdowały się tam niemieckie warsztaty naprawy samochodów i czołgów. W 1941 roku rozebrano pobliskie kapliczki: św. Walentego, Matki Boskiej Anielskiej, oraz oryginalny Domek O. Rafała. Dwa lata później ten sam los podzieliła największa z łagiewnickich kapliczek, pw. Przemienienia Pańskiego. Pod koniec wojny kościół i klasztor sprofanowano.
Współczesność Po wojnie do Łagiewnik powrócili franciszkanie. Od 1978 roku przy klasztorze działa Wyższe Seminarium Duchowne oo. Franciszkanów, które w 1989 roku uzyskało własny gmach. Na cmentarzu w Łagiewnikach (ul. Okólna 185) są dwie zbiorowe kwatery nagrobków Ojców Franciszkanów. Na głównej kwaterze znajduje się rzeźba bł. Rafała Chylińskiego, natomiast na drugiej rzeźba św. Franciszka. Obie rzeźby zostały odsłonięte w 1997 roku. Autorem obu rzeźb, nagrobków Ojców Franciszkanów i kwater jest Wojciech Gryniewicz.