W 1793 Léger Félicité Sonthonax i Étienne Polverel, reprezentanci francuskiego rządu rewolucyjnego z Paryża zaoferowali wolność tym niewolnikom, którzy przyłączą się do walki przeciwko siłom kontrrewolucji. 4 lutego 1794 jakobiński Konwent Narodowy wydał akty emancypacyjne, które znosiły niewolnictwo na całym terytorium Republiki Francuskiej. Na początku maja 1794 Toussaint zrezygnował z aliansu hiszpańskiego i dołączył do Francuzów. Razem ze sobą przywiódł tysiące czarnych żołnierzy. Został wówczas mianowany generałem brygady (Général de Brigade).
Wsparcie rewolucyjnej Francji Pod rosnącym wpływem L’Ouverture’a armia czarnych razem z białymi sprzymierzeńcami wyparła z wyspy połączone siły hiszpańsko-brytyjskie. Armia Toussainta wygrała siedem bitew w ciągu jednego tygodnia przeciwko Brytyjczykom w styczniu 1794, brała ona także udział w tłumieniu powstania kierowanego przez Mulata Pinchinata. Dzięki tym akcjom jego władza stawała się coraz bardziej rozległa, a sam Toussaint ogłosił lojalność wobec Pierwszej Republiki Francuskiej. Dzięki temu został awansowany na generała dywizji (Général de Division). Pokonani Brytyjczycy wycofali się w 1798.