W XV wieku wschodni cypel wyspy otoczono palisadą, w XVI działała tu także papiernia, a u wylotu obecnej ulicy Odrzańskiej zlokalizowano pobór wody do miejskiego wodociąguRurociągi budowano pierwotnie przy użyciu drewnianych rur. oraz przeniesiony z przeciwległego brzegu rzeki port miejski. Na ówczesnych mapach widać wyraźnie nasycenie infrastrukturą wschodniej części wyspy, gdy tymczasem jej zachodnia część porośnięta wciąż była jeszcze lasem lub zagajnikiem. Pomimo bliskości miasta Kępa Mieszczańska pozostawała długo poza obrębem miejskich fortyfikacji; objęły ją one (częściowo) dopiero w czasie wojny trzydziestoletniej w XVII wieku (rozbudowane także w następnym stuleciu). W tym też okresie powstał na Kępie lazaret, później były tu koszary, m.in. artylerii, oraz wojskowe place ćwiczeń.
XVII – XVIII wiek W 1681 wzniesiono przy istniejącej przystani pierwszy duży żuraw portowy, przetrwał on do 1726, a po powodzi, która spustoszyła Kępę w 1736, musiano go już w 1752 ponownie wymienić; w 1768 zastąpiono go większym. W 1707 zbudowano przy przystani pierwsze magazyny i zaczął się kształtować tzw. Packhof (dziś w tym miejscu wciąż znajduje się budynek magazynów).