Michael urodził się i dorastał w ubogiej rodzinie rolników w zachodniojutlandzkiej wiosce Saedding. Jego dzieciństwo przebiegało w trudnych warunkach. Pierwszym i istotnym ogniwem mitu rodzinnego Kierkegaarda było wydarzenie z życia jego ojca, gdy ten, głodny i zziębnięty musiał do późna paść owce, przeklął Boga. Ojciec Kierkegaarda wychowywał się w surowej religijności braci morawskich, której do końca życia pozostał wierny – w tym, że jako dziecko przeklął Boga badacze życia Kierkegaarda upatrują klucza do zrozumienia dziwaczności życia całej rodziny Sørena. Kierując się biblijnym rozumieniem grzechu, Michael Kierkegaard żywił przekonanie, że za jego grzech Bóg będzie stale karać całą jego rodzinę. O samym tym wydarzeniu długo milczał, było przy tym prawdopodobnie powodem, dla którego utrzymywała się w jego domu atmosfera tajemnicy i lęku połączona z religijnym żarem i ascetyczną pobożnością.