Søren mawiał o sobie, że jest dzieckiem starości – przyszedł na świat 5 maja 1813, gdy jego ojciec miał 56 lat, a matka 45. Jego rodzeństwo zmarło młodo, przed ukończeniem 33. roku życia ("wieku Jezusowego"), matka w 1834 – śmierci te potęgowały atmosferę lęku. Więzi między Sørenem a ojcem były bardzo silne – mimo surowości ojca, darzyli się całkowitym wzajemnym zaufaniem. Był jego ulubionym dzieckiem. Po ojcu Søren przejął żywą wyobraźnię i religijną melancholię oraz zamiłowanie do pracy myślowej i dialektyki. Wyrobił on w nim także silne poczucie obowiązku, zawsze obecne w religijności pietystycznej – od 1821 Søren uczęszczał do kopenhaskiej Borgerdydsskollen; przyszły filozof pisze w swych dziennikach, że szeroka swoboda pozostawiana mu przez ojca w sprawach szkolnych przymuszała go do szczególnej obowiązkowości i pilności, której konieczność odczuwał niezwykle silnie. We wczesnym dzieciństwie ojciec rzadko pozwalał mu opuszczać dom – spacery po mieście zastępowały spacery po salonie. Ojciec i syn chodząc po mieszkaniu udawali wtedy, że chodzą po Kopenhadze: ojciec opowiadał o wymyślonych widokach i przeszkodach, które napotykali, pozdrawiał ludzi, wymieniał uwagi. Często pozwalał też dziecku przysłuchiwać się rozmowom dorosłych.