Podczas walk o panowanie nad Kopenhagą między królem Krzysztofem I a biskupem Roskilde Jakobem Erlandsenem, miasto zostało spalone i obrabowane w 1259 r. Średniowieczna Kopenhaga posiadała 4 kościoły i kilka klasztorów, które dominowały w panoramie miasta. Część Kopenhagi rozciągająca się wokół katedry i założonego w 1479 r. uniwersytetu, była centrum władzy biskupiej w mieście. Siedliskiem władzy świeckiej był wzniesiony na ruinach biskupiego Slotsholmen, nowy zamek, w którym od 1420 r. rezydował król Danii Eryk Pomorski (w 1416 r. król odebrał miasto biskupowi Roskilde). Król nadał Kopenhadze w 1422 r. przywileje handlowe i wspierał gospodarczy rozwój miasta. W 1443 r. Kopenhaga stała się de facto stolicą państwa. Od tego czasu datuje się szybki wzrost znaczenia miasta, nie tylko jako centrum handlowo-rzemieślniczego, ale również politycznego i naukowego. W latach 1445–1767 Kopenhaga była miastem koronacyjnym królów DaniiLista koronacji królów duńskich.. W 1500 r. liczyła 10 000 mieszkańcówLademann, t. 15, Kopenhaga 1985, s. 200.. Reformacja w 1536 r.