Emmanuel wystąpił w każdym spotkaniu swojej reprezentacji.
Puchar Narodów Afryki 2008 Następną wielką imprezą na którą piłkarz został powołany był Puchar Narodów Afryki 2008 rozgrywany w Ghanie. Reprezentacja WKS, uważana za faworyta rozgrywek, trafiła na nich do grupy B, gdzie za rywali miała Benin, Mali i Nigeria. W pierwszym meczu na turnieju WKS ograło Nigerię 1:0. Całe spotkanie rozegrał Emmanuel Eboué. W drugim meczu WKS rozbiło Benin 4:1, Eboué zagrał pełne 90 minut. W trzecim meczu grupowym WKS wygrało z Mali 3:0, gdzie Emmanuel ponownie cały mecz spędził na boisku. Wybrzeże Kości Słoniowej pewnie wygrało grupę B. W ćwierćfinale rywalem popularnie nazywanych Słoni była Gwinea. Ekipa w której Emmanuel Eboué rozegrał kolejny raz całe spotkanie wygrała aż 5:0. W półfinale ekipa WKS przegrała z Egiptem aż 1:4Puchar Narodów Afryki: Półfinały - 1 kolejka - tabela, mecze, statystyki. Graczom z Wybrzeża Kości Słoniowej po bolesnej porażce pozostało jedynie walczyć o trzecie miejsce. Mimo dobrej pierwszej połowy Słonie przegrały jednak z gospodarzem turnieju Ghaną 2:4.