Od 15 września 1944 rozpoczęto program szkoleń pododdziałów, który zaplanowano na 1,5 miesiąca. W jego trakcie i po zakończeniu okazało się jednak, że ze względu na trudności organizacyjne, braki kadrowe i niski poziom wykształcenia żołnierzy szkolenie trzeba przedłużyć. Na początku stycznia, w ocenie Naczelnego Dowództwa większość jednostek armii osiągnęła przygotowanie do działań bojowych i od 7 stycznia część oddziałów rozpoczęła działania na froncie.
W trakcie formowania 2 Armia została rozlokowana na terenie Lubelszczyzny i Podlasia, jej sztab początkowo mieścił się w Lublinie, później w Lubartowie i w okolicach Radzynia Podlaskiego. Poszczególne oddziały były rozmieszczone w okolicach Trzebieszowa, Siedlisk, Mórd, Lubartowa, Zamościa, Międzyrzeca, Łukowa i Chełma. Ze względu na zniszczenia wojenne i słabą infrastrukturę tych terenów warunki zakwaterowania i aprowizacji były bardzo ciężkie, co ujemnie odbiło się na szkoleniach i przygotowaniu oddziałów do działań bojowych. Niechlubną kartę zapisały sąd wojskowy i prokuratura 2 Armii, które zajmowały się w tym okresie niszczeniem podziemia niepodległościowego. We wsi Kąkolewnica w tymczasowej siedzibie sztabu 2 Armii zamordowano do listopada 1945 roku 1500-1800 osób.