W kolejnym sezonie niemiecki zawodnik zadebiutował w Pucharze UEFA, natomiast w Bundeslidze „Die Schwaben” uplasowali się na piątej lokacie.
W lipcu 2005 roku Lahm powrócił do Bayernu, jednak początkowo leczył kontuzję więzadła krzyżowego, którego doznał w maju na treningu. Ligowy debiut zanotował dopiero 19 listopada, kiedy to podczas wygranego 2:1 spotkania z Arminią Bielefeld zmienił w 63. minucie Bixente Lizarazu. W sezonie 2005/2006 w obronie Bayernu grali najczęściej Willy Sagnol, Lúcio, Valérien Ismaël oraz Martín Demichelis, jednak po wyleczeniu swojego urazu Lahm coraz częściej występował w wyjściowej jedenastce. Monachijska drużyna wywalczyła mistrzostwo oraz Puchar Niemiec, a podczas kolejnych rozgrywek Lahm jako jedyny zawodnik swojego klubu wystąpił we wszystkich 34 ligowych pojedynkach. Bayern w końcowej tabeli zajął jednak dopiero czwarte miejsce i zakwalifikował się do Pucharu UEFA. Z tych rozgrywek Bayern został wyeliminowany w półfinale przez późniejszych zdobywców pucharu – Zenit St. Petersburg. W lidze podopieczni Ottmara Hitzfelda radzili sobie jednak znacznie lepiej i sięgnęli po 21 w historii klubu tytuł mistrza kraju.